El Colegio Seminario Conciliar fue fundado el 15 de noviembre de 1848 por iniciativa del Monseñor Agustín de la Sierra, de esta forma la dirección del Colegio comenzó a cargo del Clero Diocesano de la Región de Coquimbo.
En sintonía con el mandato del Concilio de Trento, comenzó a funcionar como seminario para la formación de sacerdotes. Las dependencias del Colegio estuvieron ubicadas de forma provisional en la casa que entonces pertenecía al canónigo Don Mariano Meri, situada en la antigua calle El Teatro, hoy José Manuel Balmaceda. Luego, se trasladó a la casa de Doña Isabel Cordovez en la calle Catedral, hoy Gregorio Cordovez.
Es así como en 1856, luego de varios traslados del establecimiento, y gracias a las gestiones del Obispo Justo Donoso, se logra la compra de un terreno a las faldas del Cerro Santa Lucía, mismo espacio que ocupa hoy el Colegio.
Es en 1869 que comienza a construirse la actual construcción del Colegio, a cargo del arquitecto Roberto Parker, destacando el estilo neoclásico como sello arquitectónico.
A comienzos del siglo XX el Clero Diocesano decide traspasar la dirección del Colegio hacia la Congregación alemana del Verbo Divino. Así, en 1904 el Colegio contaba con una sección eclesiástica y otra seglar para la formación de sacerdotes y alumnos de humanidades.
La formación de los estudiantes estuvo a cargo del Rector R. Karl Degenhardt, co-fundador de la congregación alemana en Chile. Luego de 35 años la Congregación del Verbo Divino deja el Colegio para dedicarse a su obra en Santiago. Es por ello, que el Arzobispo José María Caro devuelve la administración al Clero Diocesano, quienes lo regentan por nueve años hasta 1948.
Es a principios de 1948 que el Superior General de los Padres Barnabitas, Padre Idelfonso Clerici acepta de Monseñor Alfredo Cifuentes Gómez, obispo de La Serena, la dirección del Seminario Conciliar de La Serena. Es así como inspirado por la misión educativa y apostólica de la Congregación viaja para recibir el establecimiento acompañado de los sacerdotes Padre Pietro Bianchi, quien se convierte en el primer Rector, el Padre Ricardo Frigerio y el Padre Zaccaria Penati.
Con el pasar del tiempo más sacerdotes de la Orden Barnabita llegan al país a potenciar la labor educativa en el Colegio, junto con ello, los primeros Barnabitas asisten y ayudan a los primeros colonos trentinos recién llegados a La Serena tras la Segunda Guerra Mundial.
El Colegio continúa en crecimiento y para inicios de 1960 comienza a construir la primera parte del proyecto total. Los alumnos externos son más de 800 y lo internos alrededor de 140.
Es a principios de 1970 que se refleja y potencia uno de los principales sellos identitarios del Seminario Conciliar: la física y astronomía, a cargo del Padre Battista Picetti se construye la primera versión del Tololito, en el cual se instala un pequeño telescopio que él mismo compró en Milán, Italia. Ya, para 1977 se inicia la construcción del actual Tololito gracias a una importante donación de AURA, más adelante para la celebración de los 150 años del Colegio, la familia trentina, Dalbosco, dona un telescopio MEADE de 14´´.
El Colegio Seminario Conciliar posee historia en los últimos tres siglos vividos, de esta forma la vigencia y los desafíos del hoy posee la vasta experiencia del pasado para posicionarse y reformularse a las necesidades educativas de los estudiantes chilenos de hoy.
